Su trayectoria en el servicio público comenzó como Director Regional de la Corporación Nacional Forestal (CONAF). Más tarde, fue elegido Diputado por el distrito 47 para el período 1998-2002, donde integró las comisiones permanentes de Agricultura, Silvicultura y Desarrollo Rural, además de presidir la Comisión de Defensa Nacional. También formó parte de la Comisión Especial de Seguridad Ciudadana y fue Presidente de la Bancada Corralera. Durante su labor parlamentaria, destacó por su trabajo cercano a la gente, siempre buscando soluciones inclusivas y sin sectarismos.

José Pérez ha sido un defensor de diversos sectores, especialmente en temas relacionados con la agricultura, la apicultura y los derechos de los regantes. Ha trabajado incansablemente en la gestión de proyectos para organizaciones sociales, tales como clubes deportivos, juntas de vecinos y asociaciones de adultos mayores, ayudándoles a obtener espacios legales para sus actividades y mejorando su infraestructura. Además, ha estado al frente de diversas iniciativas legislativas, como la Tercera Ley de Exonerados, la Ley de Condonación de Deudas CORA, y la Igualdad de Culto que han tenido un impacto significativo en la comunidad.